《長笛幻想曲》完成於1974年，是馬水龍尚在德國雷根斯堡求學時完成的長笛獨奏作品，並於1975年1月15日由長笛家史坦（Axel Stein）於德國雷根斯堡天主教音樂學院音樂廳進行世界首演。這部作品原打算為中國笛而寫，但考量到當時手邊並無樂器可供進一步研究且學院師長鼓勵他為西方長笛創作，而改變計畫。即便如此，在此作中的裝飾音與快速音群，仍可探見一些中國笛演奏技巧的樣貌。此外，為了打破東方作曲家只在五聲音階中創作的刻板印象，他也嘗試在作品中創造與西方現代音樂接軌的新聲響，正因如此，他形容在德國求學時的作品（包含此作）皆充滿「洋蔥味」。